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España tiene el ilustre privilegio, que no ostenta ningún otro país, de haber fundado la primera universidad en dos continentes distintos: América y Asia. En este último continente la Monarquía hispánica fundó en 1611 la Universidad de Santo Tomas en Manila, la primera de Asía, y en América fundó la universidad de San Marcos de Lima en 1551, un siglo antes que las primeras inglesa o francesas en ese continente, la de Harvard en 1636, y la de Quebec en 1663. Cuando la universidad de Harvard se fundó, ya existían 14 universidades españolas en el Nuevo Mundo.
Tan pronto se «pacificó» el territorio surgió la necesidad de contar en el Perú con una Universidad, para que los jóvenes pudieran seguir estudios superiores. A tal efecto, el Cabildo municipal de Lima, facultó al dominico Fray Tomas de San Martin y al capitán Jerónimo de Aliaga, a quienes se tiene por cofundadores, para «suplicar a su magestad tenga por bien e haga merced que en el monasterio de los domynycos desta ciudad aya estudio general con los privilegios y esenciones y capitulaciones que tiene el estudio general de Salamanca».
Se autorizó por Real Cedula de 12 de mayo de 1551, refrendada por el Rey Carlos y su madre Juana de Castilla en Valladolid, lo que se denominó «Studio General y Real Vniversidad de la ciudad de los Reyes» (Lima) con «los mismos privilegios, franquezas y libertades que tiene el Estudio y Universidad de la Ciudad de Salamanca», que era la de mayor prestigio de España y de la que copió sus constituciones.
Inició sus clases el 2 de enero de 1553, en el Convento de Nuestra Señora del Rosario de la Orden de los Dominicos, bajo la dirección de dicha Orden religiosa. Inicialmente se impartían clases en las celebres cuatro Facultades: Cánones, Leyes, Teología y Artes. Poco después se creó la de Medicina. En el año 1571 la universidad se seculariza y deja de estar bajo el patrocinio de los dominicos y, paradójicamente, se le agrega el titulo de Pontificia por el breve Exponi nobis del papa Pio V.
En 1574, por sorteo entre los cuatro evangelistas, se elige a San Marcos como patrono de la Universidad, que pasa a llamarse «Estudio General o Real y Pontificia Universidad de San Marcos de la ciudad de los Reyes del Perú» Con el tiempo se van añadiendo Facultades como Lengua, Anatomía, Ciencias Naturales, Matemáticas, y más modernamente, Biología, Farmacia y otras más, hasta completar un número superior a veinte en la actualidad.
Además de tener a un militar español como cofundador, el capitán Jerónimo de Aliaga, la Universidad San Marcos de Lima fue protagonista de un hecho militar poco conocido, ya que con ocasión del ataque holandés del almirante L´Hermite de Clerk en mayo de 1624, los alumnos constituyeron una compañía para vigilancia y defensa de las costas del Callao.
Con la Emancipación cayó en desuso su carácter Real y en 1876 dejó de ser Pontificia. En 1946 adopta el nombre oficial actual: «Universidad Nacional Mayor de San Marcos de Lima». La Decana de América, como se conoce a la Universidad San Marcos, ha tenido a lo largo de sus 470 años una gran importancia docente cultural y social, no solo en Perú, sino en toda Sudamérica, habiendo pasado por sus aulas los más importantes profesionales, políticos y escritores del Perú.
Entre sus alumnos se encuentran Pablo de Olavide, que da nombre a una universidad sevillana, o Mario Vargas Llosa, premio Nobel de Literatura. También ha otorgado Doctorados Honoris Causa a eminentes personalidades mundiales, como Javier Pérez de Cuellar que fue Secretario General de la ONU, o al papa San Juan Pablo II.
Tomas Torres Peral